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婴儿期感染时，由于婴儿的免疫系统没有发育，不会把病毒当做外来的敌人进行清除，而是把乙肝病毒当成了自已身体的一部分，与乙肝病毒和平共处。这也是为什么中国人的乙肝治疗上非常困难（中国目前大多数的乙肝人群多为母婴垂直传播），因为乙肝病毒的清除必须靠机体的免疫反应，如果病人自身的免疫对乙肝病毒不进行攻击，清除病毒是绝对不可能的。
目前的抗病毒药物治疗都是有前提条件的，比如干扰素治疗有个前提，就是病人必须是转氨酶升高（ALT升高），因为，ALT升高表示病人的免疫系统开始对病毒进行识别，并开始攻击，这时加上干扰素可以在本身免疫的基础上加把油，从而将乙肝病毒清除。如果病人本身的免疫对乙肝病毒没有反应，用这些药物都是没有效的或效果不佳。
核苷类似物对免疫没有作用，这类药物也许要求（ALT升高）所以，停药后大部分复发，血清内的病毒量甚至增加的更多，因为核苷类似物只起到暂时抑制病毒的作用。
乙肝抗病毒作用的关键是激活或加强病人的抗病毒免疫，让沉睡的免疫系统激活起来。在配合一些抗病毒药物可以达到事半功倍的效果。
