如果是早期妊娠(怀孕头三个月)时得了急性病毒性肝炎，有可能引起胎儿畸形，肝炎病毒有可能通过胎盘感染胎儿，所以容易引起染色体的畸变。另外，约有6%的乙型肝炎患者会将病毒传染给胎儿，使胎儿变成乙肝病毒携带者。因此，对于早期妊娠时患者得了急性病毒性肝炎，如有可能，进行人工流产，但人工流产一定要等肝功能恢复后再进行。如果在肝脏炎症还比较重时进行，就有可能使肝炎加重，甚至变成重症肝炎而危及病人生命。
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如果在中、晚期妊娠时得了病毒性肝炎，虽然早产、死胎、死产的发生率均较正常，介于这时胎儿的各器官已经基本成熟，一般不引起畸形，这时的处理，应根据病毒性肝炎的类型不同而有所不同。如果孕妇得的是甲型肝炎，则肝炎痊愈后可继续妊娠，对胎儿不会有任何影响；如果孕妇得的是乙型肝炎，则肝炎痊愈后，血中的乙肝表面抗原也消失，胎儿出生后，除约有6%左右可变成乙肝表面抗原者，其余94%左右的小儿可能没有什么问题。如果肝功能恢复后，血中的乙型肝炎表面抗原一直到分娩时仍呈阳性，孩子出生后要进行正规阻断。
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